Финансово-экономическая экспертиза проводится с целью проверок анализа финансово-экономических показателей их деятельности, а также содержит несколько уровней проверок:

• суммы исчисленных налоговых платежей, их анализ позволяет выявить налогоплательщиков у которых суммы налоговых платежей с уменьшаются
• суммы уплаченных налоговых платежей, их анализ позволяет выявить полноту и своевременность перечисления по каждому виду;
• показатели налоговой, бухгалтерской отчетности налогоплательщиков, которые позволяют определить разницу между показателями финансово-хозяйственной деятельности текущего периода от аналогичных показателей за предыдущие периоды, либо же отклонения от среднестатистических показателей отчетности аналогичных хозяйствующих субъектов за определенный промежуток времени и выявить противоречия между сведениями, содержащимися в представленных документах, и (или) несоответствие информации, которой располагает налоговый орган;
•  факторы и причины, влияющие на формирование налоговой базы.

Приоритетными для назначения Судебной финансово-экономической экспертизы являются налогоплательщики, к которым налоговики могут предъявить обоснованные подозрения ухода от налогообложения, либо схемы минимизации налоговых обязательств, и (или) результаты проведенного анализа финансово-хозяйственной деятельности налогоплательщика свидетельствуют о предполагаемых налоговых правонарушениях.

Финансово-экономическую экспертизу  проводят опытные эксперты. Круг вопросов, поставленных перед экспертом судом примерно такой:

• Исследовать показатели, как финансового состояния, так и финансово-экономической деятельности, выявить признаки и способы их искажения, которые влияют на финансовый результат и расчеты по обязательствам субъекта.
• Исследовать динамику финансового состояния хозяйствующего субъекта и анализ факторов, вызвавших ее негативные изменения.
• Определить экономическую обоснованность финансовых показателей хозяйствующего субъекта в случае выявления искажений данных о доходах и расходах.
• Установить степень обеспеченности субъектов хозяйствования оборотными средствами, необходимыми для нормального функционирования.
• Выявить причины образования дебиторской и кредиторской задолженности.
• Установить обоснованность формирования и расходования денежных фондов.
• Выявить факты нарушения и порядка образования и использования денежных фондов.
• Определить кредитоспособность заемщика. Установить обоснованность, полноты, своевременности предоставления заемных средств, их целевого расходования, полноты и своевременности их возврата.
• Выявить искажения в бухгалтерском и налоговом учете и установить их влияния на величину налоговой базы. Установить соответствия формирования налоговой базы и суммы налоговых отчислений нормам законодательства, действовавшим в исследуемом периоде.